1990 - 2000 Finalista en dos ocasiones en la Copa Libertadores

Los campeonatos

1991

En 1991 celebró su corona número once, durante la segunda presidencia de Isidro Romero Carbo.
1995

Barcelona suma su estrella doce ese año en lo que representa para Isidro Romero Carbo su tercer título como dirigiente del club.
1997

Barcelona dio esa temporada la vuelta olímpica número trece, bajo la presidencia de Xavier Paulson.

En la década de 1990 los toreros alcanzaron la cúspide en torneos internacionales al ser finalistas en dos ocasiones en Copa Libertadores de América.

Primera final en 1990

La primera final fue en 1990. De la mano del argentino Miguel Ángel Brindisi y con un equipo que tenía entre sus filas a Carlos Luis Morales, al goleador Carlos Muñoz, Freddy Bravo, Wilson Macías, Jimmy Izquierdo, Jimmy Montanero, Julio Guzmán, los uruguayos Mario Saralegui y Alberto Acosta y el argentino Marcelo Trobbiani (campeón mundial con los albicelestes en 1986).

Queda en la retina del aficionado canario el momento de la clasificación a la final ganada por la tanda de los penales al difícil River Plate, en el Monumental, con un Carlos Luis Morales que se consagró esa noche. Ya en la final, los toreros perdieron 2-0 en Asunción y empataron a 1 en el Monumental.

No hubo festejo, pero sí alegría en la hinchada porque era la primera vez que un club ecuatoriano quedaba vicecampeón.

Barcelona jugó en siete ocasiones el torneo continental en esa década, de las cuales en dos oportunidades pasó a ser parte de la lista selecta de equipos que llegaron a una final.

Segunda final en la Libertadores

Ocho años después los toreros volvieron a acceder a una final de la Libertadores. Barcelona superó en primera fase a los colombianos América de Cali y Bucaramanga; luego al Colo Colo chileno, al Bolívar de La Paz, Cerro Porteño de Paraguay, para disputar el título con Vasco Da Gama. Los toreros alcanzaron la final dirigidos por otro argentino: Rubén Darío Insúa (campeón en 1991), y con un equipo que mezclaba experiencia y juventud. A los experimentados Jimmy Montanero, Julio César Rosero, Hólger Quiñónez, el colombiano Pipa de Ávila, el argentino Marcelo Morales, se sumaban Nicolás Asencio, Héctor Carabalí, Agustín Delgado, José Francisco Cevallos, Fricson George, José Gavica y Luis Gómez. Barcelona perdió 2-0 de visita y 1-2 de local ante Vasco Da Gama. Durante esta década la hinchada pudo disfrutar en torneos nacionales e internacionales de las genialidades de los volantes Marco Etcheverry (Bolivia), Marcelo Morales y Rubén Darío Insúa (Argentina); del liderazgo de Julio César Rosero, Raúl Noriega, Alberto Montaño, Mario Tenorio, Héctor Carabalí; de los desbordes de José Gavica, Ulises de la Cruz, Wagner Rivera, Marcelo Benítez (Argentina); y de los goles de gran factura de Agustín Delgado, Gilson de Souza, Alfaro Moreno, Raúl Avilés y Nicolás Asencio.