2000 - 2010 La década perdida de Barcelona
Tras una buena década en que el equipo cosechó dos finales de Copa Libertadores (1990 y 1998), tres títulos nacionales (1991, 1995 y 1997) y tres vicecampeonatos nacionales (1990, 1992 y 1993) los hinchas toreros estaban con las esperanzas de que el nuevo milenio consolidara algún título internacional y mantuviera la hegemonía torera en campeonatos.
No obstante, la primera década del siglo XXI no fue fructífera. Esos diez años estuvieron marcados por altibajos en su desempeño en el campeonato y una regular participación en torneos internacionales, como la Sudamericana y Libertadores.
Fue también el adiós de una generación que llevó a triunfos estelares a los toreros en los años 90. José Francisco Cevallos, José Gavica, Raúl Noriega, Nicolás Asencio y Fricson George defendieron los colores del Barcelona hasta mediados de esta década.
El ‘fantasma’ del descenso en dos ocasiones
En esta década los toreros por dos ocasiones se salvaron del descenso en partidos claves ante Macará, en Ambato (1-0 con gol del ‘Chino’ Gómez, en el 2000) y 2-0 a Liga de Portoviejo, en el Monumental (2009).
Apenas alcanzaron tres vicecampeonatos (2002 y 2003 y el del torneo Apertura 2005). El segundo lugar que logró en el 2002 y 2003 le permitió jugar la Copa Libertadores de América 2003 y 2004, destacando en esta última edición del torneo donde fue eliminado en octavos por el sorprendente Once Caldas colombiano, que posteriormente fue el campeón.
Uno de los jugadores que llegó como refuerzo del elenco torero, el argentino nacionalizado ecuatoriano Ariel Graziani, marcó un tanto a Boca Juniors, que fue elegido como uno de los mejores de ese año en la Libertadores.
En el 2005, la Federación Ecuatoriana de Fútbol (FEF) dividió en dos etapas el campeonato nacional: Apertura y Clausura; los canarios fueron subcampeones del Apertura y en el Clausura accedieron a la liguilla final, pero resultados adversos no le permitieron obtener un cupo en la Libertadores 2006.
Los toreros no clasificaron a una liguilla final en el 2007 lo que generó críticas de la hinchada.
En el 2009, la dirigencia de entonces, presidida por Eduardo Maruri, apostó al proyecto Los chavales, liderado por el español Benito Floro (extécnico del Real Madrid en los 90), pero los malos resultados ocasionaron a mediados de ese año la salida del entrenador y con ello la culminación del proyecto.