La pequeña Hushpuppy vive sola con su padre en una zona cerca de un arroyo en Mississippi. Su madre los abandonó hace tiempo, y la niña se ha acostumbrado a vivir casi en solitario con su padre, rodeada por la naturaleza y los animales que la habitan. A ella le gusta el orden de su entorno tal y como lo conoce, pero no sabe que una tragedia natural está a punto de arrebatárselo.

Un día el entorno natural se altera. La temperatura sube provocando el deshielo de los glaciares y un aumento del nivel del mar. Debido a estos fenómenos unas criaturas prehistóricas que se encontraban en estado de congelación recobran vida y amenazan la existencia de los seres humanos. Además, el padre de Hushpuppy cae enfermo y corre un alto peligro de morir. En esta situación, la pequeña tendrá que emprender un viaje en búsqueda de su madre y también de su propia supervivencia.