Vibrante, emotiva y marcada por varios hitos fue la actuación de Emelec en la Copa Libertadores 2012, al conseguir los mejores resultados de todos los clubes ecuatorianos que compitieron en esa edición.
En el grupo 2, los azules clasificaron en primer lugar al eliminar a dos favoritos: Flamengo, de Brasil, con su estrella Ronaldinho, y al Olimpia, de Paraguay.
En el primer instante histórico Emelec venció 3-2 a los cariocas, en su primer triunfo oficial ante brasileños. Luciano Figueroa (2) y Fernando Gaibor marcaron en el Capwell el 4 de abril. En la jornada final, el 12 de abril, los azules consiguieron la primera victoria nacional sobre Olimpia en el Defensores del Chaco. El 2-3 clasificó a los millonarios y dejó fuera a los poderosos asunceños y a Flamengo. Los tantos fueron de Marcos Mondaini, Ángel Mena y José Luis Quiñónez (foto), con un cabezazo en los descuentos.
En octavos de final Emelec, dirigido por Marcelo Fleitas, fue eliminado por Corinthians, que luego se coronó en la Libertadores y en el Mundial de Clubes.
En la Copa Sudamericana los eléctricos, tras eliminar a Olimpia, quedaron fuera en octavos de final, con Gustavo Quinteros como DT, ante la Universidad de Chile, de Jorge Sampaoli.