En dos partidos de definición con Liga de Quito, Emelec se impuso a los azucenas en la Casa Blanca (1-2, con goles azules de Marlon de Jesús y Marcos Mondaini) y en el estadio George Capwell (1-0, tanto de De Jesús), con lo que aseguró el vicecampeonato nacional.
Ese hecho les permitirá a los eléctricos jugar la Copa Libertadores 2013 de manera directa, en la fase de grupos, y la Sudamericana.
Desde el 2009, que jugó la Copa Sudamericana y luego en el 2010, 2011 y 2012, ambos certámenes organizados por la Conmebol, y con los pases a esos torneos del 2013, Emelec impone una marca en el fútbol nacional al llegar de manera consecutiva a nueve campeonatos internacionales.
En la temporada Emelec empezó bajo la dirección técnica del uruguayo-ecuatoriano Marcelo Fleitas, que luego fue reemplazado por el argentino-boliviano Gustavo Quinteros.
El mayor goleador millonario del 2012 fue Marlon de Jesús (13). Como hecho anecdótico los azules terminaron el torneo con su cuarto arquero como titular: Cristian Arana. Estos por las lesiones de Javier Klimowicz, Esteban Dreer (ninguno se recuperó en el tiempo que anticipó el cuerpo médico de Emelec) y el bajo rendimiento de Wilmer Zumba. En el tramo final del campeonato perdió por lesión al delantero argentino Luciano Figueroa, que hizo 10 tantos en el certamen.